代理商云仓库存代理发货系统软件开发的关键模块主要包括以下几个方面：

代理申请与审核：允许各级别代理通过手机等移动设备完成申请，上级代理可直接在移动端发展下线代理。申请过程需提交真实信息注册，以杜绝假冒顶替行为。系统应提供微信提示功能，以便申请和审核的及时通知。

授权管理：移动端后台应显示当前用户的下级代理的数目及详细信息，方便代理进行下线管理。同时，系统应提供便捷的授权界面，使代理能够更快速地管理各级下线。

发货管理：系统应支持手机连扫功能，方便代理进行批量发货。内部后台应显示各级代理的入货价，确保各级代理只显示同级或下线的内部价格。

物流追踪：系统应集成物流追踪功能，下级代理拿货前必须通过订单系统下单发货，系统后台监控并记录所有订单信息。同时，系统应提供物流信息实时更新功能，方便卖家和消费者查询订单状态。

出库关联与防伪追溯：出库时，系统应关联后一个经手出库的代理，并实现产品防伪追溯功能，指定代理人负责。这样，在出现各类突发事件时，可通过后台查询出库代理进行处理。

订单处理：系统应支持订单的快速处理功能，包括订单接收、审核、拣货、打包、发货等环节。同时，系统应提供订单状态实时更新功能，方便用户随时查看订单进度。

数据报表：系统应提供数据报表功能，包括订单数量、发货量、库存量等关键数据的统计和分析。这些报表可以帮助企业更好地了解业务运营情况，为决策提供支持。

库存监控：系统应实时监控库存数量，确保库存明细一目了然。当库存量低于预设阈值时，系统应自动发出补货提醒。

入库与出库管理：系统应支持入库和出库操作的管理功能，包括货物的验收、分类、上架存储以及拣货、复核、打包等环节。同时，系统应提供入库单和出库单的生成与打印功能。

收付款管理：系统应支持代理商在系统中进行全部的财务管理操作，包括收付款的录入、审核与确认等功能。同时，系统应提供数据报表生成、筛选与细分功能，方便企业进行财务分析。

灵活配置：系统应提供灵活的配置功能，允许企业根据自身需求进行模块化设置和自定义功能开发。

可扩展性：系统应具备良好的可扩展性，能够随着企业业务的发展不断添加新的功能和模块。

综上所述，代理商云仓库存代理发货系统软件的开发需要综合考虑多个关键模块的设计和实现。这些模块相互协作，共同构成一个完整、高效、灵活的代理商云仓库存代理发货系统。