自助共享自习室小程序原生系统开发的关键模块主要包括以下几个部分：

用户模块是系统的核心之一，负责处理与用户相关的操作，具体功能包括：

用户注册与登录：允许用户通过系统注册新账户，输入必要信息，如姓名、手机号、邮箱等，并进行用户登录，验证用户名和密码是否匹配。

用户信息管理：允许用户查看、修改个人信息，如姓名、密码等。

用户订单管理：显示用户的订单记录，包括预约自习室、支付等操作。

自习室模块负责管理共享自习室的资源，提供相关信息展示和预约功能，具体功能包括：

自习室列表展示：显示所有可用的自习室信息，如座位数、设施配置等。

自习室预约：允许用户预约指定的自习室，选择预约的日期和时间。系统需要能够自动为用户分配座位，并在预约时间到达时提醒用户前往自习室。对于已经预约但未按时到达的用户，系统可以自动释放座位供其他用户使用，以提高座位利用率。

自习室状态管理：实时更新自习室的使用状态，如空闲、被预约中等。

自习室费用管理：设置每个自习室的收费标准，根据用户预约的时间计算费用。

支付模块是与第三方支付平台集成的关键部分，提供用户支付功能，具体功能包括：

支付接口集成：与第三方支付平台进行接口对接，实现支付功能。需要引入第三方支付平台的SDK或API，并编写相应的支付接口。

支付方式选择：允许用户选择支付方式，如支付宝、微信支付等。

支付结果处理：接收第三方支付平台的支付结果通知，并根据通知内容进行相应的处理。例如，编写退款逻辑，与第三方支付平台进行交互，完成退款操作。

管理端模块为管理员提供后台管理系统，方便管理员对自习室和用户进行管理，具体功能包括：

用户管理：审核用户、管理会员信息和反馈处理等。

空间管理：调整空间布局、设置时段价格和更新设备信息等。

订单管理：查看订单详情、统计使用情况和收入等。

系统监控：监控系统运行状态，及时响应故障和进行维护。

硬件控制模块负责连接和控制自习室内的硬件设备，提高使用便捷性和舒适度，具体功能包括：

智能门锁控制：用户可以通过小程序进行远程开门操作，无需传统的钥匙或门禁卡。

环境设备控制：自习室内的灯光、空调等设备可以通过物联网技术实现远程控制，根据用户的需求自动调节，营造更加舒适的学习环境。

数据分析模块负责收集和分析用户的使用数据，为自习室管理者提供决策支持，具体功能包括：

数据收集：收集用户的学习时长、偏好等数据。

数据分析：通过数据分析，自习室管理者可以了解用户需求，优化自习室的服务和环境。例如，进行个性化推荐和服务优化，根据用户的消费习惯和偏好提供个性化的座位推荐和学习资源推荐。

综上所述，自助共享自习室小程序原生系统开发的关键模块涉及用户、自习室、支付、管理端、硬件控制和数据分析等多个方面。在实际开发过程中，需要根据需求分析合理划分功能模块并设计相应的数据模型，以实现一个稳定、高效且满足用户需求的系统。